База данных устанавливает структурные и эволюционные взаимосвязи между всеми белками, структура которых известна, включая все белки из Protein Data Bank (PDB). Так как существующие средства сравнения структур не могут определять все структурные и эволюционные взаимосвязи между белками, классификация SCOP сделана вручную путем визуальных наблюдений и сравнения структур. Существует 15 зеркальных сайтов SCOP (в Великобритании, США, Австралии, Японии, Сингапуре, Индии, Израиле, Китае и Италии). Русский сайт-зеркало SCOP находится в Институте белка РАН (г.Пущино).
Andreeva A., Howorth D., Brenner S.E., Hubbard T.J.P., Chothia C., Murzin A.G. (2004). Nucl. Acid Res. 32:D226-D229.
Lo Conte L., Brenner S. E., Hubbard T.J.P., Chothia C., Murzin A. (2002). Nucl. Acid Res. 30(1), 264-267.
Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C. (1995). J. Mol. Biol. 247, 536-540.
Адрес:
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
http://scop.wehi.edu.au/scop/
http://scop.protres.ru/
См. также:
RHDB [RHdb] - Radiation Hybrid DataBase
RISSC - Ribosomal Intergenic Spacer Sequence Collection
RNase P Database - the RiboNuclease P Database
RsGDB - Rhodobacter sphaeroides Genome DataBase
SBASE - protein domain library
SELEX_DB - a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data
SeqAnalRef - Sequence Analysis bibliographic Reference database
SGD - Saccharomyces Genome Database
Биологические базы данных, snoRNA - a database for small nucleolar RNAs from Saccharomyces cerevisiae
SRPDB - the Signal Recognition Particle DataBase
...
Обсудить на форуме
