Это большая коллекция белковых семейств. База состоит из двух частей. Первая - Pfam-A - содержит аннотацию семейства, выравнивание всех белков семейства, скрытую марковскую модель (profile hidden Markov model) и пороговое значение этого выравнивания, которое позволяет решать задачи поиска в базе наиболее подходящего семейства для некоторого белка. PfamB - часть базы где собраны белки, не вошедшие в первую часть, это белки, с кластеризацией которых возникли вопросы. Версия 7.0 (на сентябрь 2002 года) этой базы содержит 3360 семейств. Около 69% белков SWISS-PROT 18 имеют по меньшей мере одно попадание в семейство Pfam-A.
Bateman A., Birney E., Cerruti L., Durbin R., Etwiller L., Eddy S.R., Griffiths-Jones S., Howe K.L., Marshall M., Sonnhammer E.L. (2002) Nucleic Acids Res., 30(1), 276-280.
Bateman A., Birney E., Durbin R., Eddy S.R., Howe K.L., Sonnhammer E.L. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 263-266.
Bateman A., Birney E., Durbin R., Eddy S.R., Finn R.D., Sonnhammer E.L.L. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 260-262.
Sonnhammer E.L.L., Eddy S.R., Birney E., Bateman A., Durbin R. (1998) Nucl. Acids Res., 26, 320-322.
Sonnhammer E.L.L., Eddy S.R., Durbin R. (1997) Proteins, 28, 405-420;
Адрес: http://www.sanger.ac.uk/Pfam/
См. также:
OMIM - On-line Mendelian Inheritance in Man
Биологические базы данных, ooTFD - object oriented Transcription Factors Database
OWL - Composite Protein Sequence Database
PADB - Proteome Analysis DataBase
PALI - a database of Phylogeny and ALIgnment of homologous protein structures
PIR - Protein Information Resource
PIR-ALN - database of Protein sequence ALligNments
PLACE - PLAnt Cis-acting regulatory DNA Elements database
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
...
Обсудить на форуме
