База данных основана на литературных данных и предназначена для исследований в белковой инженерии. Логической единицей хранения является не белок, а одна статья, посвященная мутации в белках. Каждый документ базы содержит следующие поля: AUTHORS /JOURNAL /TITLE /PURPOSE /CROSS-REFERENCE /PROTEIN /SOURCE /N-TERMINAL /EXPRESSION-SYSTEM /CHANGE /FUNCTION, STRUCTURE, STABILITY, EXPRESSION.
PURPOSE - это краткое описание цели, которую имели авторы при написании статьи, CROSS-REFERENCE содержит cоответствующие идентификаторы данного белка в смежных базах данных (таких как PIR).
N-TERMINAL содержит 5 аминокислот, которые находятся на N-конце данного белка.
CHANGE указывает номер позиции с мутацией и вид мутации (замена, вставка или делеция). Сразу после этих строк идут описания различий в активности, стабильности по сравнению с диким типом. Специальные комментарии и важные замечания записаны в строках с заголовками COMMENT. Последняя версия датирована сентябрем 2002 года и содержит 26651 единицу хранения. Поддерживается совместно NIG (Япония), Protein Engineering Research Institute (Япония), PRF (Япония).
Kawabata T., Ota M., Nishikawa K (1999) Nucl. Acids Res., 27, 355-357
Адрес: http://www.genome.ad.jp/htbin/www_bfind?pmd
См. также:
PIR-ALN - database of Protein sequence ALligNments
PLACE - PLAnt Cis-acting regulatory DNA Elements database
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
PLMItRNA - a database for higher Plant MItochondrial tRNAs and tRNA genes
Predictome - a database of putative functional links between proteins
PRESAGE - Protein Resource Entailing Structural Annotation of Genomic Entities
PRF - Protein Research Foundation databases
PRINTS - database of protein family fingerPRINTS
ProDom - Protein Domain families database
...
Обсудить на форуме
