TransTerm - база данных матричных РНК и параметров, полезных для нахождения сигналов трансляционного контроля. Вначале она содержала только районы мРНК, фланкировавшие старт- и стоп-кодоны, теперь она содержит кодирующие рамки и лежащие выше и ниже рамки нетранслирующиеся участки (UTR - untranslated regions). Содержит более 130000 кодирующих последовательностей с нетранслирующимися смежными районами из более 450 организмов. Это соответсвует 12-ти прокариотическим и одному эукариотическому полному геному. Каждая рамка снабжена информацией о длине, Nc, GC3, CAI (Codon Adaptation Index), таблицы использования кодонов. Хранится в виде реляционной базы данных, а также в виде плоского файла.
Jacobs G.H., Rackham O., Stockwell P.A., Tate W., Brown C.M. (2002) Nucl. Acids Res., 30, 310-311.
Jacobs G.H., Stockwell P.A., Schrieber M.J., Tate W.P., Brown C.M. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 293-295.
Dalphin M.E., Stockwell P.A., Warren P.T., Brown C.M. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 293-294.
Dalphin M.E., Brown C.M., Stockwell P.A., Tate W.P. (1998) Nucl. Acids Res., 26, 335-337.
Brown C.M., Stockwell P.A., Dalphin M.E., Tate W.P. (1994) Nucl. Acids Res., 22, 3620-3624.
Адрес: http://uther.otago.ac.nz/Transterm.html
См. также:
The Homeodomain Resource
The Molecule Pages database
TIGRFAMs - a protein family resource for the functional identification of proteins
Биологические базы данных, tmRDB - tmRNA DataBase
Биологические базы данных, tmRNA - The tmRNA website
TRDB - Tandem Repeats DataBase
Биологические базы данных, trEMBL - EMBL protein-coding DNA sequence features translated into peptide sequences
Биологические базы данных, tRNA - database of tRNA sequences
TTD - Therapeutic Target Database
UDB - the Unified DataBase for Human Genome Mapping
...
Обсудить на форуме
