Альтернативный сплайсинг является важным регуляторным механизмом у высших эукариот. По некоторым оценкам, по меньшей мере 30% человеческих генов сплайсируется альтернативно. С помощью альтернативного сплайсинга можно получить с одного транскрипта до 64 различных мРНК. База данных ASDB содержит информацию о белковых продуктах альтернативно сплайсирующихся генов. Из базы данных SWISS-PROT были извлечены все белки, для которых есть упоминание об альтернативном сплайсинге. Затем все эти белки разбивались на кластеры. В одни кластер включались белки, которые получились из одного гена (два белка принадлежат одному кластеру, если они имеют общий фрагмент длиной не короче 20 аминокислот и принадлежат одному и тому же организму). Определенные таким образом кластеры могут, кроме продуктов альтернативного сплайсинга, содержать белки мультигенных семейств. Для исключения таких химерных кластеров применялась процедура множественного выравниваения (программой CLUSTALW). База создана в Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley, US), частично поддерживалась раньше российской программой "Геном человека". В настоящее время она не имеет финансовой поддержки, существует исключительно благодаря усилиям авторов, поэтому часто меняется URL базы.
Dralyuk I., Brudno M., Gelfand M.S., Zorn M., Dubchak I. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 296-297.
Gelfand M.S., Dubchak I., Dralyuk I., Zorn M. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 301-302.
Адрес: http://hazelton.lbl.gov/~teplitski/alt/
См. также:
5S rRNA - 5S ribosomal RNAs database
AARSDB - AminoAcyl-tRNASynthetases DataBase
AGRICOLA - AGRICultural On-Line Access
AMmtDB - database of multi-aligned metazoa mitochondrial DNA sequences
Article@inist - inist
ASTRAL - The ASTRAL Compendium for Sequence and Structure Analysis
AtDB(TAIR) - Arabidopsis thaliana DataBase
BIOCAT - Bio-Catalog
Biochemical Pathways
BioImage - Biological Images for scientific research
...
Обсудить на форуме
