Predictome - база данных связей между родственными белками. Связи устанавливаются по разным критериям: по близости локализации на хромосоме, если они транскрибируются в одном и том же направлении или если их ортологи в других геномах близки друг к другу. Два белка связаны филогенетической связью, если они имеют один и тот же эволюционный паттерн, т.е. их ортологи либо присутствуют, либо отсутствуют во всех известных геномных последовательностях. Если два различных белка в одном и том же организме кодируются одним мультидоменным белком в другом организме, то эти два белка связываются связью слияния. Экспериментальное подтверждение физических взаимодействий между белками, такие как, например, двугибридный анализ, дает основание для связи белков, отличной от тех, что устанавливались по первичной структуре.
Mellor J.C., Yanai I., Clodfelter K.H., Mintseris J., DeLisi C. (2002) Nucl. Acids Res., 30, 306-309.
Адрес: http://predictome.bu.edu/
См. также:
PLACE - PLAnt Cis-acting regulatory DNA Elements database
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
PLMItRNA - a database for higher Plant MItochondrial tRNAs and tRNA genes
PMD - Protein Mutant Database
PRESAGE - Protein Resource Entailing Structural Annotation of Genomic Entities
PRF - Protein Research Foundation databases
PRINTS - database of protein family fingerPRINTS
ProDom - Protein Domain families database
ProtRepeatsDB
...
Обсудить на форуме
