Эта коллекция существует с 1991 года, она включает в себя выравнивания суперсемейств, семейств и гомологичных доменов белков, первичные структуры которых хранятся в PIR. Все выравнивания строятся автоматически, с помощью программ CLUSTAL V/W. Программа ALNED используется в качестве интерактивного редактора выравниваний для их корректировки. Обновляется понедельно и поквартально. Поддерживается NBRF. Версия базы, датированная сентябрем 1999 года содержит 4045 выравниваний, из них 1518 выравниваний суперсемейств белков и 385 выравниваний гомологичных доменов.
Srinivasarao G.Y., Yen L.-S.L., Marzec C.R., Orcutt B.C., Barker W.C., Pfeiffer F. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 284-285
Адрес: http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/piraln.html
См. также:
OWL - Composite Protein Sequence Database
PADB - Proteome Analysis DataBase
PALI - a database of Phylogeny and ALIgnment of homologous protein structures
PFAM - Protein families database of alignments and HMMs
PIR - Protein Information Resource
PLACE - PLAnt Cis-acting regulatory DNA Elements database
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
PLMItRNA - a database for higher Plant MItochondrial tRNAs and tRNA genes
PMD - Protein Mutant Database
...
Обсудить на форуме
