База данных хранит человеческие митохондриальные ДНК, она первоначально была частью более обширной базы MitBase. Human MitBase - реляционная база данных о болезнях, связанных с мтДНК, и о мутациях в митохондриальных ДНК. Возможно получение плоского файла с базой в ответ на соответствующий запрос. База организована в виде двух подбаз - молекулярной и клинико-патологической. Все документы обеих частей базы взаимосвязаны через таблицу индивидуумов, у которых были взяты образцы. Каждый документ базы относится к определенному участку мтДНК, полученному у конкретного человека.
Документы молекулярной подбазы содержат информацию о локализации участка мтДНК; экспериментальном методе, тканях и клеточных линиях, примененных при изучении; поле; возрасте; популяционные данные субъекта и информацию о географическом и лингвистическом происхождении. Также приводятся данные о типе мутации (замена, вставка или выпадение), позиции мутации и др.
В клинической подбазе хранятся результаты различных анализов, сделанных пациентам (клинические, гистопатологические, аналитические и биохимические).
Версия базы, датированная мартом 2001 года содержит 9402 документа в формате, схожем с форматом EMBL.
Attimonelli M., Cooper J.M., D'Elia D., de Montalvo A., De Robertis M., Lehvaslaiho H., Malladi S.B., Memeo F., Stevens K., Schapira A.H.V., Saccone C. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 143-146
Адрес: http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-lib+HUMAN_MITBASE
См. также:
HIV Molecular Immunology Database
HOVERGEN - HOmologous VERtebrate GENs database
HSSP - Homology-derived Secondary Structure of Proteins
HUGE - Human Unidentified Gene-Encoded large protein database
HuGeMap - the Human Genome Maps database
HUMBIO - NUMan BIOology database
HvrBase - primates mtDNA control region sequences compilation
IEDB - Immune Epitope DataBase
IMGT - ImMunoGeneTics database
Immigrant - The database of immigrant genes
...
Обсудить на форуме
