Главная проблема в классификации белков состоит в декомпозиции биомолекул на составляющие их структурные домены. Обычно такими доменами считают независимые сферические единицы укладки в трехмерной белковой структуре. На уровне первичной последовательности белков необходимо аккуратно установить границы гомологичных белковых доменов для последующего множественного выравнивания их. Данных по третичной структуре, которые могли бы привести к визуальному определению таких границ доменов для многих семейств белков не существует. Поэтому созданы базы данных, содержащие мотивы, блоки и выравнивания последовательностей целиком. База данных DOMO состоит из множественных выравниваний, которые содержат белковые домены и повторяющиеся участки, полученные из SWISS-PROT. Границы доменов и выравнивания были получены в результате полностью автоматизированного процесса. Авторами программ и базы данных являются Jerome Gracy (Infobiogen, Villejuif Cedex, France) и Patrick Argos (EMBL, Heidelberg, Germany). Границы доменов получены не из данных по трехмерной структуре, а из относительных позиций пар гомологичных сегментов внутри одного и того же белка (повторов) или в гомологичных белках на различных расстояниях от их N- или C-концов. Каждый документ базы данных соответствует одному семейству гомологичных доменов. Большинство полей документа содержат информацию о родственных белках, их функциональных семействах, доменах, множественные белковые выравнивания, консервативные остатки, дерево классификации. Если для какого-то домена известна трехмерная структура, то в документе присутствуют прямые ссылки на соответствующие координаты атомов, и на соответствующие базы данных. Если структура домена неизвестна, то содержатся ссылки на теоретическое предсказание вторичной структуры, полученное различными методами, такими как PREDATOR, SIMPA96, DSC, MAP123D, COILS, TMAP.
Gracy J., Argos P. (1998) Bioinformatics, 14, 164-173.
Gracy J., Argos P. (1998) Bioinformatics, 14, 174-187.
Адрес: http://abcis.cbs.cnrs.fr/domo/
См. также:
DBCat - a catalog of biological DataBases
DBSNP (dbSNP) - the NCBI database of genetic variation
DBSTS [dbSTS] - DataBase of Sequence-Tagged Sites
DDBJ - DNA Data Bank of Japan
DHMHD - the Dysmorphic Human-Mouse Homology Database
DrugBank
DSSP - Dictionary of Secondary Structure of Proteins
EID - the Exon-Intron Database
EMBL - the EMBL Nucleotide Sequence Database
EMEST
...
Обсудить на форуме
