TDB - это коллекция различных баз данных, содержащих нуклеотидные и аминокислотные последовательности, информацию по экспрессии генов, семействах белков, а также таксономические данные по микробам, растениям и человеку. Следующие базы данных входят в эту коллекцию: TIGR Microbial Database предоставляет связи со всеми мировыми проектами по секвенированию геномов микробов, уже законченными и продолжающимися, включая собственные законченные проекты TIGR (Archaeoglobus fulgidus, Borrelia burgdorferi, Deinococcus radiodurans, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Methanococcus jannaschii, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma genitalium, Thermotoga maritima, Treponema pallidum).
TIGR Parasites Database содержит связи со всеми мировыми проектами по секвенированию паразитов, включая проекты самого TIGR (Trypanosoma brucei, Plasmodium falciparum).
TIGR Gene Indices интегрировала данные по EST (Expressed Sequence Tags) из всех международных по секвенированию и исследованиям генов.
TIGR Human Genome Sequencing Projects. - TIGR вовлечен в секвенирование 16 хромосомы человека и в проект по сиквенированию концов искуственных бактериальных хромосом - векторов (large-scale BAC end sequencing project). Информация по этим проектам содержится в базе данных. TIGR Human cDNA Mapping Project. TIGR Arabidopsis thaliana Database -- база данных содержит геномные последовательности и аннотации, сделанные в TIGR, а также собрала все EST резуховидки Таля из всех мировых проектов по ее секвенированию.
Expressed Gene Anatomy Database - это коллекция человеческих транскриптов, снабженных информацией об их экспрессии, роли в клетке, альтернативных сплайсингах. Sequences, Sources, Taxa - экспериментальная база данных, которая содержит ссылки между источниками, коллекциями, таксономией и базами данных с молекулярно-биологическими последовательностями.
White O., Kerlavage A.R. (1996) Methods Enzymol., 266, 27-40.
Quackenbush J., Cho J., Lee D., Liang F., Holt I., Karamycheva S., Parvizi B., Pertea G., Sultana R., White J. (2001) Nucl. Acids Res., 29, 159-164.
Zhao S. (2001) Nucl. Acids Res., 29, 141-143.
Quackenbush J., Liang F., Holt I., Pertea G., Upton J. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 141-145.
Zhao S. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 129-132.
Адрес: http://www.tigr.org/tdb/
См. также:
Биологические базы данных, snoRNA - a database for small nucleolar RNAs from Saccharomyces cerevisiae
SRPDB - the Signal Recognition Particle DataBase
SSU rRNA - Small SubUnit rRNA database
Swiss-2dpage
SWISS-PROT - the protein sequence data bank
The gRNA database - the guide RNA database
The Homeodomain Resource
The Molecule Pages database
TIGRFAMs - a protein family resource for the functional identification of proteins
Биологические базы данных, tmRDB - tmRNA DataBase
...
Обсудить на форуме
