База данных содержит участки нуклеотидных последовательностей, определенных как регуляторные элементы cis-действия у растений. Эти мотивы были опубликованы в литературе. В базе данных содержатся не только сами мотивы, но и информация о вариациях, имеющих место в других генах и других видах растений, опубликованные позже. Каждая единица хранения содержит, кроме нуклеотидной последовательности регуляторного элемента, краткое определение и описание каждого мотива, ссылки на соответствующие документы баз данных PubMed и GenBank. Эта база создана в 1997 году в национальном Институте агробиологических исследований (Tsukuba, Japan), версия 3.1, датированная 25 августа 1998 года, содержит 208 документов. Родственные базы - TFD, TRANSFAC. Первые две страдают избыточностью (содержат не только мотивы растений), последняя отличается форматом хранения данных и снабжена собственной классификацией мотивов.
Higo K., Ugawa Y., Iwamoto M., Higo H. (1998) Nucl. Acids Res., 26, 358-359
Higo K., Ugawa Y., Iwamoto M., Korenaga T. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 297-300
Адрес: http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
См. также:
PADB - Proteome Analysis DataBase
PALI - a database of Phylogeny and ALIgnment of homologous protein structures
PFAM - Protein families database of alignments and HMMs
PIR - Protein Information Resource
PIR-ALN - database of Protein sequence ALligNments
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
PLMItRNA - a database for higher Plant MItochondrial tRNAs and tRNA genes
PMD - Protein Mutant Database
Predictome - a database of putative functional links between proteins
...
Обсудить на форуме
