Блоки - это выравненные без пропусков символов сегменты белков. Блоки строятся автоматически путем поиска наиболее консервативных районов в группах белков, которые собраны в базе данных InterPro для оценки достоверности сходства фрагментов в найденных блоках. База данных была сделана системой PROTOMAT (Henikoff S., Henikoff J.G. (1991). NAR, 19, 6565-6572) с использованием алгоритма MOTIF (Smith H.O. et al. (1990), PNAS ,87, 826-830). Версия 13 (август 2001) содержит 8656 единицы хранения, представляющих 2101 группу. Поддерживается Cancer Research Center (Seattle, WA, US). Предназначена для классификации белков.
Henikoff J.G., Greene E.A., Pietrokovski S., Henikoff S. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 228-230.
Henikoff J.G., Henikoff S., Pietrokovski S. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 226-228.
Henikoff S., Pietrokovski S., Henikoff J.G. (1998) Nucl. Acids Res., 26, 309-312.
Henikoff J.G., Pietrokovski S., Henikoff S. (1997) Nucl. Acids Res., 25, 222-226.
Pietrokovski S., Henikoff J.G., Henikoff S. (1996)Nucl. Acids. Res., 24, 197-200.
Wallace J.C., Henikoff S. (1992) CABIOS, 8, 249-254.
Henikoff S., Henikoff J.G. (1991) Nucl. Acids Res., 19, 6565-6572.
Адрес: http://blocks.fhcrc.org/
См. также:
BIOCAT - Bio-Catalog
Biochemical Pathways
BioImage - Biological Images for scientific research
BioKnowledge Library
BioMagResBank [BMRB] - repository for data from NMR on proteins, peptides, and nucleic acids
BSD - Biodegradative Strain Database
CE - Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment
CluSTr - a database of clusters of SWISS-PROT+TrEMBL proteins
COG - the database of Clusters of Ortologous Groups of proteins
COMPEL - a database on COMPosite ELements
...
Обсудить на форуме
