База данных содержит коллекцию отологичных групп генов эукартиотических организмов. Полные протеомы берутся из баз данных Ensembl, попарно сравниваются программой Blast, а затем программой Inparanoid кластеризуются. Кластеры ортологичных генов могут искаться в базе данных заданием идентификатора гена (взятого из Ensembl или UniProt), текстом аннотации белка, либо, если задана аминокислотная последовательность белка, поиском с помощью программы Blast. Полная база и программа Inparanoid доступны для скачивания.
Ann-Charlotte Berglund, Erik Sjolund, Gabriel Ostlund and Erik L.L. Sonnhammer (2008) Nucleic Acids Res., 36(Database Issue), D263-D266.
Kevin P. O'Brien, Maido Remm and Erik L.L. Sonnhammer (2005) Nucleic Acids Res., 33(Database Issue), D476-D480.
Адрес:
http://inparanoid.cgb.ki.se/
http://InParanoid.sbc.su.se/
См. также:
HUMBIO - NUMan BIOology database
HvrBase - primates mtDNA control region sequences compilation
IEDB - Immune Epitope DataBase
IMGT - ImMunoGeneTics database
Immigrant - The database of immigrant genes
InterPro - an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites
Биологические базы данных, iProClass - an integrated, comprehensive and annotated Protein Classification database
IXDB - The Integrated X Chromosome DataBase
Kabat - Kabat database of sequences of proteins of immunological interest
LGIC - Ligand Gated Ion Channel subunit database
...
Обсудить на форуме
