Структурная геномика предполагает получение экспериментальной структуры или хорошей теоретической модели для каждого белка во всех секвенированных геномах. Экспериментальный и вычислительный аспекты играют критическую роль в структурной геномике. Эксперименты дают основную информацию об относительно малом количестве отдельных белков. Вычислительный аспект может распространить эти знания и применить к потенциальным семействам родственных белков. На практике сначала применяется вычислительный подход для назначения всем геномным белкам белковых структур. Оставшиеся белки объединяются в семейства и представители этих семейств выбираются для экспериментального изучения. Расшифрованная структура сравнивается с другими белками с известной структурой в классификациях, таких как SCOP, CATH, FSSP, для получения информации об эволюции и функции белков. Каждый документ базы PRESAGE описывает один белок из SWISS-PROT, в нем есть подробная аннотация, включающая информацию от различных исследователей.
Brenner S.E., Barken D., Levitt M. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 251-253
Адрес: http://presage.berkeley.edu/
См. также:
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
PLMItRNA - a database for higher Plant MItochondrial tRNAs and tRNA genes
PMD - Protein Mutant Database
Predictome - a database of putative functional links between proteins
PRF - Protein Research Foundation databases
PRINTS - database of protein family fingerPRINTS
ProDom - Protein Domain families database
ProtRepeatsDB
RDP, RDP-II - Ribosomal Database Project
...
Обсудить на форуме
