PRF коллекционирует информацию по аминокислотам, пептидам и белкам. Им созданы следующие базы данных: Literature Database (PRF/LITDB).
В этой коллекции собраны ссылки на все статьи из научных журналов, касающиеся пептидов. Пептидами называются аминокислотные последовательности длиной менее 50. Статьи, касающиеся структурных аспектов белков и химических аспектов рецепторов и ферментов процессинга пептидных гормонов цитируются вне зависимости от количества аминокислот в последовательности. Цитируются также статьи об антигенных сайтах, функциональных сайтах и об активных фрагментах белков. В сентябре 2002 года в базе было 439573 единицы хранения.
Peptide/Protein Sequence Database (PRF/SEQDB) содержит аминокислотные последовательности пептидов и белков, включая последовательности, полученные кодированием с последовательностей генов. В этой базе можно встретить последовательности, не включенные в EMBL, потому что база строится на базе всех аминокислотных последовательностей пептидов и белков, опубликованных в статьях. В сентябре 2002 года в базе было 205029 единиц хранения (73681589 аминокислотных остатков).
Synthetic Compounds Database (PRF/SYNDB) - база данных синтетических соединений содержит ненатуральные аминокислоты, производные аминокислот и химически синтезированные пептиды. Промежуточные продукты тоже присутствуют. В сентябре 2002 года в базе было зарегистрировано 208995 единиц хранения.
Адрес: http://www4.prf.or.jp/
См. также:
PlasmoDB - an integrative database of the Plasmodium falciparum genome
PLMItRNA - a database for higher Plant MItochondrial tRNAs and tRNA genes
PMD - Protein Mutant Database
Predictome - a database of putative functional links between proteins
PRESAGE - Protein Resource Entailing Structural Annotation of Genomic Entities
PRINTS - database of protein family fingerPRINTS
ProDom - Protein Domain families database
ProtRepeatsDB
RDP, RDP-II - Ribosomal Database Project
Rebase - Restriction Enzyme dataBASE
...
Обсудить на форуме
