База данных выравниваний первичных структур гомологичных белков с известной 3D структурой, основанных на структурных сходствах. Выравнивания множественные и попарные доступны. Кроме того, в базе хранятся дендрограммы, отражающие филогенетические связи между белками, основанные на сходстве первичных и пространственных структур. База содержит 844 белковых семейства, в которых насчитывается около 4680 белковых доменов и 817 орфанов (orphans) - семейств, состоящих из единственного белка. В базе более 30000 структурных выраниваний и почти 1000 дендрограмм. PALI взяла свое начало из базы данных SCOP.
Balaji S., Sujatha S., Kumar S.S.C., Srinivasan N. (2001) Nucleic Acids Res., 29(1), 61-65.
Адрес: http://pauling.mbu.iisc.ernet.in/~pali
См. также:
OMIA - On-line Mendelian Inheritance in Animals
OMIM - On-line Mendelian Inheritance in Man
Биологические базы данных, ooTFD - object oriented Transcription Factors Database
OWL - Composite Protein Sequence Database
PADB - Proteome Analysis DataBase
PFAM - Protein families database of alignments and HMMs
PIR - Protein Information Resource
PIR-ALN - database of Protein sequence ALligNments
PLACE - PLAnt Cis-acting regulatory DNA Elements database
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements database
...
Обсудить на форуме
