База данных по метаболизму модельного организма Escherichia coli K-12 MG1655. EcoCyc создана на основе литературных данных о всем геноме, регуляции транскрипции, транспортов и метаболических путей.
Биоинформационная база данных, описывающая геном и биохимию кишечной палочки Escherichia coli. Описывает все метаболические и сигнал-трансдукционные пути этого организма, все ферменты, их кофакторы, активаторы, ингибиторы, субъединичную структуру. Гены, кодирующие субъединицы ферментов с их локализацией на хромосоме, а также гены транспортных белков и тРНК содержатся в базе. Статистика содержимого базы такова: 4391 ген, 695 ферментов кодированных подмножеством множества всех генов, 904 метаболические реакции, протекающие в организме E.coli, и организация этих реакций в 129 метаболических путей. Кроме исследовательских целей может использоваться как учебное пособие по биохимии, т.к. содержит в себе широкие возможности по конструированию новых биохимических путей для биотехнологии. Произносится как "eeko-sike". Принадлежит Pangea Systems Corp., для академических учереждений предоставляется бесплатно.
Karp P.D., Riley M., Saier M., Paulsen I.T., Collado-Vides J., Paley S.M., Pellegrini-Toole A., Bonavides C., Gama-Castro S. (2002) Nucl. Acids Res., 30, 56-58.
Karp P.D., Riley M., Saier M., Paulsen I.T., Paley S.M., Pellegrini-Toole A. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 56-59.
Ouzounis C.A., Karp P.D. (2000) Genome Res., 10, 568-576.
Karp P., Riley M., Paley S., Pellegrini-Toole A., Krummenacker M. (1999) Nucl. Acids Res., 27(1), 55-58.
Karp P.D., Riley M., Paley S.M., Pellegrini-Toole A., Krummenacker M. (1998) Nucl. Acids Res., 26, 50-53.
Karp P.D., Riley M., Paley S.M., Pellegrini-Toole A., Krummenacker M. (1997) Nucl. Acids Res., 25, 43-51.
Karp P.D., Riley M., Paley S.M., Pelligrini-Toole A. (1996) Nucl. Acids. Res., 24, 32-39.
Адрес: http://www.ecocyc.org/
EcoCyc: E. coli Genes and Metabolism (http://ecocyc.org/)
|
|
Сайт: Институт цитологии и генетики.
Статья: "Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития", А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов, 2005 г.
Исходный раздел: Базы данных по метаболическим путям
|
Долгосрочной целью проекта является описание молекулярного каталога клетки E. coli, а также функций каждой из её маолекулярных частей, чтобы облегчить понимание E. coli на системном уровне. EcoCyc является электронным справочным ресурсом для биологово E. coli и биологов, которые работают с родственными микроорганизмами.
См. также: MetaCyc - Database of metabolic pathways and enzymes.
Обсудить на форуме