Было проанализировано 8 114 444 рефератов из базы данных PubMed за период с 1990 по 2006 год, на основе этих текстов выявлено 2 497 567 ассоциаций.
Наряду с информацией о взаимодействиях, выявленных из текстов, в базу данных сетей ассоциативных знаний были интегрированы данные о взаимодействиях, извлеченных из фактографических баз данных, таких как KEGG [11], MirBase и др.
На сегодняшний день объем базы данных составляет более 60 млн записей.
Для оценки точности распознавания фактов взаимодействий из текстов нами было проведено сравнение генной сети, реконструированной экспертом (активация NF-kB), с ассоциативной сетью NF-kB, построенной на основе информации, извлеченной из текстов рефератов. В этих сетях было выявлено 89% общих объектов, 59% общих связей.
Система AND может быть полезна при решении широкого спектра задач системной биологии, биомедицины и биотехнологии, таких как расширение и дополнение генных сетей, реконструированных экспертом, выявление ассоциации генных сетей с заболеваниями, поиск возможных молекулярных механизмов ассоциаций между патологиями, выявление генов-кандидатов для генотипирования, мутации в которых приводят к возникновению заболеваний.
См. также:
Введение
1. Описание системы
Список литературы
Обсудить на форуме
