KEGG состоит из 16 основных баз данных, разделённых на 3 категори: системные, геномные и химические.
Попытка компьютеризировать все современное знание в молекулярной и клеточной биологии в терминах информационных путей. Это база знаний по систематическому анализу функций генов. Создается институтом химических исследований (Kyoto University, Japan) в рамках японской программы по геному человека. Содержит 6 баз данных - метаболических путей (PATHWAY), генов (GENES) и лигандов (LIGAND), экспериментальных данных по экспрессии генов (EXPRESSION и BRITE), по белкам (SSDB) и обширные возможности для работы со всеми крупными мировыми информационными ресурсами. Базы данных KEGG представляют данные в виде графических диаграмм, включающих большинство метаболических путей и некоторые из наиболее известных регуляторных путей. Кроме того, информация о путях представлена в виде таблиц ортологов, которые содержат как гены-ортологи, так и паралоги из различных организмов. Обновляются базы ежедневно.
Kanehisa M., Goto S., Kawashima S., Nakaya A. (2002), Nucl. Acids. Res., 30, 42-46.
Kanehisa M., Goto S. (2000), Nucl. Acids. Res., 28, 27-30.
Ogata H., Goto S., Sato K., Fujibuchi W., Bono H., Kanehisa M. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 29-34
Адрес: http://www.genome.ad.jp/kegg/
KEGG: Regulatory Pathways (http:// www.genome.ad.jp/kegg/regulation.html)
|
|
|
Сайт: Институт цитологии и генетики.
Статья: "Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития", А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов, 2005 г.
Исходный раздел: Базы данных по регуляторным путям
|
KEGG: Metabolic Pathways (http://www.genome.ad.jp/kegg/metabolism.html)
|
|
|
Сайт: Институт цитологии и генетики.
Статья: "Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития", А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов, 2005 г.
Исходный раздел: Базы данных по метаболическим путям
|
См. подразделы:
Базы данных системной информации
Геномные базы данных
Химические базы данных
Обсудить на форуме
