База данных собрала в себе экспериментальные данные по протяженным регуляторным районам эукариотических генов, как то: сайты связывания факторов транскрипции, промоторы, энхансеры, сайленсеры и т.д., а также паттерны экспрессии генов. Формат базы позволяет описывать модульную структуру регулирующих транскрипцию районов и иерархию составляющих регуляторных единиц. Рассматриваются следующие единицы: (i) cis-элементы, обеспечивающие взаимодействие факторов транскрипции с ДНК; (ii) составные элементы, обеспечивающие ДНК-белок- и белок-белок-взаимодействия; (iii) промоторы, обеспечивающие образование основных транскрипционных комплексов; (iv) энхансеры и сайленсеры; (v) протяженные регуляторные участки, фланкирующие гены и интроны; (vi) система интегральной регуляции транскрипции гена, которая включает все перечисленные элементы и обеспечивает регуляцию транскрипции, зависящую от стадии жизненного цикла клетки, уровня развития, тканеспецифичности, условий среды и т.д. Каждый документ базы описывает один ген. База создана в Институте цитологии и генетики СО РАН в 1993г.
N. A. Kolchanov, E. V. Ignatieva, E. A. Ananko, O. A. Podkolodnaya, I. L. Stepanenko, T. I. Merkulova, M. A. Pozdnyakov, N. L. Podkolodny, A. N. Naumochkin, and A. G. Romashchenko (2002) Nucl. Acids Res., 30, 312-317.
N. A. Kolchanov, O. A. Podkolodnaya, E. A. Ananko, E. V. Ignatieva, I. L. Stepanenko, O. V. Kel-Margoulis, A. E. Kel, T. I. Merkulova, T. N. Goryachkovskaya, T. V. Busygina, F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodny, A. N. Naumochkin, I. M. Korostishevskaya, A. G. Romashchenko, and G. C. Overton (2000) Nucl. Acids Res., 28, 298-301.
Kolchanov N.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Merkulova T.I., Goryachkovskaya T.N., Busygina T.V., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 303-306
Адрес: http://www.bionet.nsc.ru/trrd/
TRRD: Transcription Regulatory Regions Database (http://www.sgi.sscc.ru/mgs/gnw/trrd/)
|
|
|
Сайт: Институт цитологии и генетики.
Статья: "Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития", А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов, 2005 г.
Исходный раздел: Базы данных по транскрипционным факторам
|
См. также:
TRANSFAC - eucaryotic trans-acting Transcriptional regulatory Factors and cis-acting regulatory sites database
RegulonDB - A Database on Transcriptional Regulation and Genome Organization
DBTBS
SCPD
DPInteract
Обсудить на форуме
