RegulonDB - реляционная база данных, содержащая информацию о механизмах регуляции на уровне инициации транскрипции в кишечной палочке Escherichia coli (штамм K-12). Текущая версия базы описывает регуляторные сигналы инициации транскрипции, промоторы, регуляторные сайты связывания с специфическими регуляторами, сайты связывания с рибосомой и терминаторы, а также информацию о кластеризации генов в опероны. Эти данные собираются из литературы, а также из компьютерных предсказаний.
Salgado H., Santos-Zavaleta A., Gama-Castro S., Millan-Zarate D., Diaz-Peredo E., Sanchez-Solano F., Perez-Rueda E., Bonavides-Martinez C., Collado-Vides J. (2001) Nucleic Acids Res., 29(1), 72-74.
Salgado H., Santos-Zavaleta A., Gama-Castro S., Millan-Zarate D., Blattner F.R., Collado-Vides J. (2000) Nucl. Acids Res., 28, 65-67.
Salgado H., Santos A., Garza-Ramos U., van Helden J., Diaz E., Collado-Vides J. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 59-60.
Huerta A.M., Salgado H., Thieffry D., Collado-Vides J. (1998) Nucl. Acids Res., 26, 55-60
Адрес: http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb/
RegulonDB: E. coli Transcriptional Regulation (http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb)
|
|
|
Сайт: Институт цитологии и генетики.
Статья: "Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития", А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов, 2005 г.
Исходный раздел: Базы данных по транскрипционным факторам
|
См. также:
TRRD - Transcription Regulatory Regions Database
TRANSFAC - eucaryotic trans-acting Transcriptional regulatory Factors and cis-acting regulatory sites database
DBTBS
SCPD
DPInteract
Обсудить на форуме
