База данных TRANSFAC содержит информацию о сайтах связывания эукариотических факторов транскрипции в геномах и о связывающихся белках. Созданная в 1988 году, она организована в виде реляционной базы данных, которая содержит 94 таблицы. Кроме того, можно получить версию базы в виде 6 плоских файлов. Один из них, SITE, содержит экспериментально подтвержденные регуляторные сайты эукариот (от дрожжей до человека), кластеры сайтов связывания с консенсусными последовательностями, а также искусственные последовательности. Другой файл - FACTOR - содержит белки, действующие как факторы транскрипции. Версия 3.4, датированная маем 1998 года содержит 7321 единиц хранения в этих двух файлах. Есть коммерческая версия базы, дополненная некоторыми возможностями. Предполагаемое развитие этой коллекции - создание базы знаний по механизмам регуляции транскрипции. Родственные базы - TRRD.

Wingender E. (1988) Nucl. Acids Res., 16, 1879-1902

BioTechForum - Advances in Molecular Genetics (J. Collins, A.J. Driesel, eds.) 4:95-108, 1991

Wingender E., Dietze P., Karas H., Knuppel R. (1996) Nucl. Acids Res., 24, 238-241

Wingender E., Kel A.E., Kel O.V., Karas H., Heinemeyer T., Dietze P., Romaschenko A.G., Kolchanov N.A. (1998) Nucl. Acids Res., 25, 265-268.

Heinemeyer T., Chen X., Karas H., Kel A.E., Kel O.V., Liebich I., Meinhardt T., Reuter I., Schacherer F., Wingender E. (1999) Nucl. Acids Res., 27, 318-322

Адрес: http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/

Источник...

Источник:

Сайт: Молекулярная биология. Статья: Молекулярно-биологические базы данных. Статья: TRANSFAC - eucaryotic trans-acting Transcriptional regulatory Factors and cis-acting regulatory sites database.

TRANSFAC: Transcription Factor Database (http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/index.html)

Источник...

Источник:

Сайт: Институт цитологии и генетики. Статья: "Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития", А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов, 2005 г. Исходный раздел: Базы данных по транскрипционным факторам

См. также:

    TRRD - Transcription Regulatory Regions Database

    RegulonDB - A Database on Transcriptional Regulation and Genome Organization

    DBTBS

    SCPD

    DPInteract

 Обсудить на форуме