BioUML - Biological Unified Modeling Language - это интегрированная расширяемая среда для визуального моделирования биологических систем.
Используемые технологии
• Java - язык реализации системы BioUML
• ru.biosoft.access - библиотека для доступа и объектно-ориентированного представления информации из гетерогенных баз данных
• BeanExplorer (http://www.beanexplorer.com) компонетная технология (расширения JavaBeans) для автоматической генерации пользовательских интерфейсов и публикации данных в различном виде.
• MATLAB - используется для численного решения систем ОДУ и графического представления результатов.
Концепция модуля
• Чтобы обеспечить интеграцию различных баз данных в среду BioUML, мы вводим концепцию модуля. Если воспользоваться метафорой, то BioUML можно представить как операционную систему, а модули тогда будут являться отдельными программами.
• Как правило, модуль создается для отдельной базы данных и определяет способ представления информации из этой базы данных в виде объектов языка Java. Модуль также может содержать специфичные для этой базы данных типы диаграмм, представляемые в виде подклассов класса DiagramType и способы их графического отображения, задаваемые как расширенияDiagramViewBuilder.
На данный момент созданы модули для следующих баз данных:
• GeneNet) база данных по генным сетям (ИЦиГ, Новосибирск);
• KEGG/Ligand) Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, база данных метаболических путей (Kyoto University, Japan);
• TRANSPATH) база данных по путям передачи сигнала в клетке (Biobase GmbH, Germany).
См. также:
Схемы старения Б.А. Каурова и другие
Системная схема старения человека (Human Aging System Diagram - HASD)
Журнал "Старение и гены"
Associative Network Discovery (AND) - компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях
Проект Crocodile2010
Генные сети
Применение булева моделирования для описания биологических моделей
Моделирование на основании формальных утверждений
Интегрирование обратной связи к экспериментам в модель старения клетки
Объединение баз данных и информации, полученых в большом количестве областей
...
Обсудить на форуме
